目前我國對肥料的保質期沒有明確的規定，但是一些特定的肥料在其外包裝上有標注保質期，過期不能重復使用，如生物有機肥、菌肥等。還存在養分揮發損失、隨時間增加分解變質等肥料問題。其次，肥料一般可以長期保存，但保存方法要適當合理，否則會損失肥效。
不同的肥料有不同的特性，會有以下變化：肥料被水分變硬；肥效揮發或降低；施肥總量減少，但肥效不變。
復合肥的有效期相對較長，只要包裝袋不破損、不受潮、不濕透、不與堿性物質放在一起，就可以長期儲存，只要儲存得當，可以儲存20年以上。但當其中所含的氮遇到高溫環境時，肥效會揮發跑掉，降低肥效，不建議放太久。保存時注意科學保存。
放置肥料的地方需要通風，不要受潮，因為一旦受潮，肥料中的氮會揮發，養分會大量流失。注意不要在有肥料的地方灑水、點燈，防止養分流失。
